پژوهشکده محیط‌زیست با بهره‌مندی از ظرفیت اعضای هیات علمی با سابقه بیش از نیم قرن فعالیت در زمینه‌های مرتبط با محیط‌زیست و زیرساخت‌های پژوهشی دانشگاه اصفهان،  ازجمله فنی و مهندسی، علوم، فناوری‌های نوین، اقتصاد و حقوق، با سال‌ها تجربه در اجرای طرح‌های زیست‌محیطی، دارای مجوز قطعی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ‌است.

ماموریت کلان این پژوهشکده، با توجه به اسناد بالادستی و  سیاست‌های کلی نظام در حوزه محیط‌زیست، شامل حمایت‌ از نخبگان و نوآوران علمى و فناورى با تأکید بر توسعه فناوری های نوین در راستای توسعه محیط زیست سالم و سلامت همه جانبه شهروندان و نیز کاهش مخاطرات و آلودگى‌هاى تهدیدکننده ناشی از فعالیت‌های صنعتی، شهری و کشاورزی می‌باشد.