پژوهشكده محيط‌زيست با بهره‌مندي از ظرفيت اعضاي هيات علمي با سابقه بيش از نيم قرن فعاليت در زمينه‌هاي مرتبط با محيط‌زيست و زيرساخت‌هاي پژوهشي دانشگاه اصفهان، ازجمله فني و مهندسي، علوم، فناوري‌هاي نوين، اقتصاد و حقوق، با سال‌ها تجربه در اجراي طرح‌هاي زيست‌محيطي، داراي مجوز قطعي از وزارت علوم، تحقيقات و فناوري است.
ماموريت كلان اين پژوهشكده، با توجه به اسناد بالادستي و سياست‌هاي كلي نظام در حوزه محيط‌زيست، شامل حمايت از نخبگان و نوآوران علمى و فناورى با تأكيد بر توسعه فناوري هاي نوين در راستاي توسعه محيط زيست سالم و سلامت همه جانبه شهروندان و نيز كاهش مخاطرات و آلودگى‌هاى تهديدكننده ناشي از فعاليت‌هاي صنعتي، شهري و كشاورزي مي‌باشد.